Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM28Q13263 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
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