Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
IFT88Q13099 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
IFT88Q13099 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms