Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP3Q9Y3E7 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms