Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.8 ms