Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SCN9AQ15858 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN9AQ15858 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
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