Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
CHMP3Q9Y3E7 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP3Q9Y3E7 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms