Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC87Q9NVE4 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC87Q9NVE4 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms