Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPHP3Q7Z494 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NPHP3Q7Z494 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms