Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SCN9AQ15858 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
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