Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TRIM28Q13263 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TRIM28Q13263 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
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