Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
HOXD3P31249 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms