Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21.27■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LIMCH1Q9UPQ0 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms