Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
CLIP4Q8N3C7 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CLIP4Q8N3C7 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
CLIP4Q8N3C7 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
CLIP4Q8N3C7 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
CLIP4Q8N3C7 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms