Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
COL4A3Q01955 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms