Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
BEST3Q8N1M1 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BEST3Q8N1M1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
BEST3Q8N1M1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BEST3Q8N1M1 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms