Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXA4Q00056 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXA4Q00056 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXA4Q00056 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms