Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms