Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SCN11AQ9UI33 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
SCN11AQ9UI33 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms