Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TCOF1Q13428 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TCOF1Q13428 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
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