Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM28Q13263 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM28Q13263 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
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