Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
HOXD4P09016 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms