Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VAMP4O75379 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
VAMP4O75379 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VAMP4O75379 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms