Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
RPUSD4Q96CM3 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
RPUSD4Q96CM3 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms