Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.3 ms