Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
PDLIM3Q53GG5 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
PDLIM3Q53GG5 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms