Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIG1P18858 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIG1P18858 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIG1P18858 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIG1P18858 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIG1P18858 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIG1P18858 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIG1P18858 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIG1P18858 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
LIG1P18858 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIG1P18858 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIG1P18858 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
LIG1P18858 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIG1P18858 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIG1P18858 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
LIG1P18858 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
LIG1P18858 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
LIG1P18858 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms