Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRPF3Q9ULD4 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms