Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP4AQ9BY43 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms