Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms