Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
VPS39Q96JC1 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 623.6 ms