Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SYNE4Q8N205 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms