Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
COL4A3Q01955 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms