Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms