Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LMX1BO60663 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms