Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
ATG4BQ9Y4P1 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms