Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMCH1Q9UPQ0 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms