Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LHX3Q9UBR4 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms