Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
CCDC87Q9NVE4 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms