Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC3Q9BQI4 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms