Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP28Q96RU2 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP28Q96RU2 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.8 ms