Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USF3Q68DE3 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms