Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms