Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL3A1P02461 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL3A1P02461 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms