Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP3Q9Y3E7 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CHMP3Q9Y3E7 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms