Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC3Q9BQI4 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms