Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
VPS39Q96JC1 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms