Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
SF3A1Q15459 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SF3A1Q15459 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms