Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
USP4Q13107 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
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USP4Q13107 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
USP4Q13107 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
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