Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA4Q00056 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms