Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
VPS53Q5VIR6 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS53Q5VIR6 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms